Kaposi Zoltán 1986-ban szerzett diplomát a debreceni Kossuth Lajos Tudományegyetemen. 1989-ben doctor universitatis, 1994-ben kandidátus címet szerzett, 2003-ban habilitált. 2009-ben elnyerte az MTA doktora címet. 1986–90 között az MTA TMB tudományos ösztöndíjasa volt. 1990-től áll a Kar alkalmazásában, ahol adjunktusként, majd docensként dolgozott. 2009 szeptembere óta egyetemi tanár. 1996–2005 között a Gazdaságtörténeti Tanszéket vezette. 2018-2202 között a Marketing és Turizmus Intézet igazgatója volt. Kutatási területe a 18–20. századi gazdaság- és társadalomtörténet, azon belül az agrármodernizáció, az iparosodás és az urbanizáció története. Az alap- és mesterképzési programokon gazdaságtörténeti tárgyakat, vállalkozástörténetet, EU-ismereteket, kulturális- és örökségturizmust, illetve urbanizációt oktat, a doktori képzéseken kutatásmódszertant és regionális városfejlődést tanít. 2023-tól a Gazdaságtudományi Doktori Tanács elnöke. Több hazai és külföldi egyetemen volt vendégtanár. 2022 novemberéig 285 önálló tudományos publikációja jelent meg. Tizenkét önálló szakmonográfiája közül az egyik Németországban, Passauban látott napvilágot. Számos, nagy létszámú kutatási projekt vezetője volt. Szakmai pályafutása során Széchenyi Professzori-, Bolyai Kutatási-, valamint Habsburg-Ösztöndíjakat nyert el. 2016-tól a kari TDT elnöke. Több magyarországi és nemzetközi regionális tudományos szervezet vezetője vagy irányító tagja, folyóiratok, évkönyvek, szakmai sorozatok szerkesztője. Számos hallgatója nyert OTDK-díjat, eredményeiért 2019-ben az OTDT Mester Tanár Aranyéremmel tüntette ki. A VIKEK a Közép-Európa Kutatásáért Díjat adományozta neki. Több alkalommal nyerte el a karon „Az év tudományos publikációja", a „Legnépszerűbb oktató" és az „Arany Katedra" díjat, 2021-ben megkapta a PTE „Pro Cura Ingenii” díját.